Les facteurs qui influencent le choix d'un traitement par hadronthérapie sont essentiellement liés au type de tumeur et à son histoire naturelle, c'est-à-dire à son comportement évolutif à partir du moment où elle se produit.
L'histotype ou l'histologie de la tumeur, c'est-à-dire le type de cellule saine dont provient une tumeur, est l'un des facteurs les plus importants, sinon le facteur décisif pour un choix électif de traitement aux hadrons. Il existe des types de cancer ou d'histotypes qui ont une capacité et une vitesse de croissance particulières et, en même temps, se propagent rapidement à d'autres organes de manière microscopique, donc invisibles aux investigations diagnostiques normales. Ces tumeurs ne bénéficient pas principalement d'une thérapie locale comme l'hadronthérapie, mais nécessitent un traitement empêchant sa propagation, donc un traitement dit systémique, ou un traitement pharmacologique.
La propagation de la maladie à des organes ou tissus autres que celui d'origine de la tumeur, les métastases, représente souvent un critère de non-indication. Lorsque la maladie a touché d'autres organes que celui d'origine, cela signifie que les cellules cancéreuses se sont propagées par le sang et / ou les lymphatiques. Dans ces cas, les traitements locaux tels que la radiothérapie ou la chirurgie cèdent la place à des traitements systémiques qui agissent de manière très répandue.
Tumeurs radiosensibles. Il existe des tumeurs qui nécessitent de faibles doses de rayonnement pour les empêcher de se reproduire ou pour guérir. Pour de telles tumeurs, il n'est pas nécessaire d'effectuer des traitements aussi sophistiqués que l'hadronthérapie, étant donné que la radiothérapie aux rayons X a une efficacité prouvée et en même temps ne provoque pas d'effets secondaires importants.